Έχει ουκ ολίγες φορές σχολιαστεί αρνητικά για τις αιρετικές απόψεις του. Οι μετριοπαθείς λένε ότι όσα προτείνει είναι ουτοπικά. Οι πιο σκληροπυρηνικοί τον χαρακτηρίζουν μέχρι και ψεκασμένο.
Ο καθηγητής Ιωαννίδης όμως, το κύρος του οποίου δεν αμφισβητείται από κανέναν στο εξωτερικό, επιμένει στο δρόμο που είχε χαράξει από την πρώτη στιγμή. Όταν έλεγε ότι ένα lockdown μεγάλης διάρκειας θα είναι καταστροφικό και θα φέρει περισσότερα κρούσματα στον γενικό πληθυσμό.
Ο καθηγητής μιλώντας στην πρωινή εκπομπή του Mega πρότεινε μεταξύ άλλων 3 μέτρα που θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε ένα ασφαλές άνοιγμα της οικονομίας. Τα συγκεκριμένα μέτρα αν συνδυαστούν με μαζικά τεστ θα αναχαίτιζαν τον ιό σύμφωνα με τον κ. Ιωαννίδη χωρίς lockdown. Ποια είναι αυτά τα μέτρα;
1) Άμεση αποσυμφόρηση των ΜΜΜ που είναι η νο1 εστία μόλυνσης.
2) Απελευθέρωση εξωτερικών χώρων (πλατείες, στάδια, χώροι που μπορεί κάποιος να αθληθεί) προκειμένου να βρει διέξοδο ο πολίτης καθώς πρόκειται για μέρη ανοιχτά, με πολύ μικρό ρίσκο μετάδοσης.
3) Άνοιγμα των σχολείων με αποστάσεις. Ο καθηγητής τονίζει ότι η χώρα είχε ένα χρόνο στη διάθεσή της για να προετοιμάσει το ασφαλές άνοιγμα των σχολείων σε τάξεις με λίγους μαθητές. Δεν το έκανε, αλλά μπορεί να το κάνει ακόμα και τώρα, καθώς οι κίνδυνοι του να μένουν τα παιδιά σπίτι και όχι στο σχολικό περιβάλλον τους είναι πολύ μεγαλύτεροι για την ψυχική τους υγεία.
Ο κ. Ιωαννίδης προτείνει σταδιακό άνοιγμα όλων των κλάδων (και της εστίασης) καθώς θεωρεί ότι έτσι δεν θα δούμε εικόνες συνωστισμού σαν αυτές στην Ερμού. Η άποψη του είναι ότι αυτά συμβαίνουν όταν ο πολίτης ξέρει ότι σε λίγες μέρες θα ακολουθήσει και άλλο lockdown και προσπαθεί να τα κάνει όλα γρήγορα και βιαστικά.